No momento, não é possível alterar o estilo dos emojis no próprio Microsoft SwiftKey. O Microsoft SwiftKey usa a fonte de emojis padrão do Android/iOS, o que significa que o estilo dos emojis que você vê no Microsoft SwiftKey (painel de emojis/previsão de emojis) depende do seu SO ou do app que você está usando.
Porém, na maioria dos aplicativos de troca de mensagens, você pode escolher o estilo do emoji visualizado após inserir um emoji ou enviar/receber uma mensagem.
Para saber melhor por que os emojis têm uma aparência diferente em diferentes aplicativos, leia este artigo.